Desde 1988 INIHLEP ha sido sede de numerosos proyectos de investigación financiados por la Secretaría de Ciencia, Arte e Innovación Tecnológica de la Universidad Nacional de Tucumán (SCAIT) y lugar de trabajo de becarios doctorales de CONICET. 

Entre 2004 y 2007  investigadores de INIHLEP integraron el equipo del Proyecto PICT REDES 2002, nº 00248, titulado “Autoritarismo, integrismo y antisemitismo en la cultura política de la Argentina contemporánea”, dirigido por el director académico de CEANA (Comisión para el Esclarecimiento de actividades Nazis en la Argentina), Ignacio  Klich.

Integrantes de INIHLEP también participaron del Proyecto PIP (CONICET) 2013-2015 GI “Justicia de proximidad y organización del territorio. Normas, procedimientos y culturas jurídicas de jueces menores en Tucumán, Mendoza y Santa Fe (1782-1833)”, dirigido por el investigador de CONICET Darío G. Barriera.

INIHLEP es lugar de trabajo de docentes-investigadores de carrera y becarios doctorales de CONICET. Actualmente cuenta con cuatro proyectos de investigación en vigencia financiados por el SCAIT:

• “Tucumán en el siglo XX: movimientos sociales, ideas e instituciones en conflicto”, dirigido por Roberto Pucci.
• “Políticas, instituciones y trayectorias educativas en Tucumán durante los siglos XIX, XX y el tiempo presente. Perspectivas críticas” dirigido por Marta Barbieri
• “Tucumán en el Río de la Plata. El largo siglo XIX, desde las reformas del antiguo régimen colonial a la consolidación del estado nacional” dirigido por Gabriela Tío Vallejo
• “Representaciones sociales y construcciones de género: estudio sobre las percepciones de la población juvenil de San Miguel de Tucumán” dirigido por Hilda Beatríz Garrido.

INIHLEP tiene convenios de investigación, de edición de obras de divulgación y  de material didáctico con el Ente Provincial del Bicentenario y el Consejo Federal de Inversiones de la Nación.